Zwatra werd in 1945 opgericht door de familie Kroes en was de eerste jaren gevestigd aan de Zwaanshals in Rotterdam-Noord. Omdat het bedrijf verder groeide, werd een grotere locatie gezocht en gevonden op het industriegebied Spaanse Polder in Rotterdam.
Na de overname van het Delftse Den Hoed Transport in 1996 werd besloten om het hele bedrijf te vestigen in het pand van Den Hoed aan de Schieweg in Delft.
Daar is Zwatra momenteel nog steeds gevestigd.